Direction du numérique (DN)


Modules

Introduction
Commandes utiles
Chargement automatique de modules dans votre session
Comment créer son propre module ? (utilisateur avancé)
Modules "contrib" (utilisateur avancé)
 

 

Introduction

Les modules d'environnement (http://modules.sourceforge.net/) ont été mis en place sur pyrene.univ-pau.fr, ainsi que sur les nœuds de calcul.

Ils permettent de gérer la liste et la version des logiciels, compilateurs et bibliothèques de calcul accessibles depuis la session utilisateur.

Important : Tout module chargé lors d'une session est disponible uniquement pour cette session.

 

 

Commandes utiles

 

Voici quelques commandes utiles :

  • module avail :

Cette commande permet de visualiser les modules disponibles sur le cluster (non accessibles sauf si on les a chargés).

Autres commandes possibles:  module available ou module av.

 

  • module list :

Voir les modules actuellement chargés dans votre session (ie accessibles depuis son compte).

 

  • module load nom_module :

Charger le module "nom_module" qui nous intéresse pour pouvoir l'utiliser. 

ex : module load R/3.1.2 ou module load R

 

Remarque: il faut spécifier toutes les informations pour un logiciel avec plusieurs versions :

ex : module load intel/14.0  pour charger la version 14.0 d'Intel

       module load intel/12.1  pour charger la version 12.1 d'Intel

 

  • module unload nom_module : 

Décharger le module "nom_module" qui ne nous intéresse plus.

 

  • module purge :

Décharger tous les modules présents sur sa session.

 

  • module show nom_module :

obtenir des informations sur le module "nom_module"

 

 

Chargement automatique de modules dans votre session

Si vous utilisez toujours les même modules, vous pouvez configurer votre environnement de travail pour qu'à chaque nouvelle session, ils soient automatiquement chargés:

  • éditez le fichier ".bashrc" (fichier caché) qui se trouve dans votre répertoire d'accueil dans un éditeur de texte.
  • ajouter dans ce fichier les lignes de commandes correspondant au chargement des modules souhaités  (ex: module load R)

  • sauvegardez le fichier ".bashrc" et rendez-le exécutable s'il ne l'est plus : chmod 755 .bashrc
  • déconnectez-vous, puis reconnectez-vous et si tout a bien fonctionné, vous devriez voir apparaître les modules chargés via le ".bashrc" en tapant la commande : module list

 

 

Comment créer son propre module?

 

Tout utilisateur du cluster peut créer des modules personnels dans son répertoire d'accueil (home directory).

1. Créer un répertoire "modufiles"

S'il n'existe pas encore, créer un répertoire "modulefiles" qui va contenir les fichiers définissant les modules avec la commande suivante : mkdir ~/modulefiles

Remarque : on suppose ici que le répertoire "modulefiles" se situe à la racine du home directory de l'utilisateur.

 

2. Editer le fichier ".bashrc"

Ajouter la ligne suivante :

module use ~/modulefiles

 

3. Créer un module lié à un logiciel

On suppose que l'on veut créer le module de la version x.y.z du logiciel nomLogiciel installé dans le répertoire ~/apps :

  • Créer un dossier nomLogiciel dans le répertoire ~/modulefiles avec la commande suivante :

mkdir ~/modulefiles/nomLogiciel

  • Dans le répertoire ~/modulefiles/nomLogiciel, placer le fichier x.y.z

En lançant la commande module avail, le module nomLogiciel/x.y.z apparaîtra alors dans la liste des modules disponibles, mais uniquement pour son propriétaire.

 

 

Modules "contrib" (utilisateur avancé)

Certains logiciels et leurs modules associés sont installés par des membres de la communauté dans le dossier /opt/cluster/contrib. Tout membre du groupe Unix U-DEFAUT a droit d'écriture dans ce dossier. Pour vérifier si vous faites partie de ce groupe, vous pouvez passer la commande :

$ id votre_identifiant

Les utilisateurs avancés du groupe U-DEFAUT déposent leurs logiciels et les fichiers de définition des modules associés dans l'emplacement adéquat sous /opt/cluster/contrib.

Remarques

  • L'installation du logiciel se fait dans le repertoire: /opt/cluster/contrib/apps/nomLogiciel ;
  • Le fichier definissant le module sera nommé de la manière suivante : /opt/cluster/contrib/modulefiles/nomLogiciel/x.y.z (ou x.y.z est le numero de version du logiciel).

Ces modules apparaissent dans la liste des modules disponibles (commande module avail).