Direction du numérique (DN)


Accès Cluster

Prérequis pour accéder au cluster de l'UPPA
Connexion au cluster Pyrene
Règles d'accès au cluster de calcul
 

 

Prérequis pour accéder au cluster de l'UPPA

 

1. Qui peut avoir accès au cluster UPPA ?

Tous les chercheurs de l'UPPA dont l'activité s'appuie sur les moyens de calcul ou qui souhaite développer une activité de calcul scientifique.

Ce matériel est destiné aux laboratoires de recherche. À ce titre, il contient des informations confidentielles et n'est pas ouvert aux étudiants de licence.

La commission thématique établit les règles d'accès et la répartition des ressources.

 

2. Comment demander l'accès ?

Il est indispensable de posséder un compte informatique UPPA ET de demander l'autorisation d'accès de son compte au cluster de l'UPPA via le système d'assistance accessible depuis le portail de l'université.

  • Le compte informatique UPPA vous permet via un identifiant et un mot de passe d'accéder au portail de l'université. Si ce n'est pas le cas, votre tuteur ou superieur peut en faire la demande à l'adresse suivante.

  • Une fois l'autorisation d'accès au cluster validée, vous pouvez vous connecter au cluster. L'identifiant et le mot de passe sont les mêmes que ceux utilisés pour accéder au portail de l'Université.

 

 

Connexion au cluster Pyrene

 

1. En mode graphique depuis Linux, Mac ou Windows

VNC (Virtual Network Computing) est un logiciel qui permet d'ouvrir une session distante sur le cluster en mode graphique. Nous avons opté pour la version Enterprise de VNC afin de supporter les affichages OpenGL (visualisation 3D).

Documentation de connexion détaillée disponible dans ce document

Clients VNC à télécharger directement sur le site de l'éditeur : https://www.realvnc.com/download/viewer/

 

IMPORTANT

Nous disposons d'un nombre limité de licences VNC.

Aussi, il est demandé d'utiliser exclusivement la commande vnc.sh (respecter la casse) pour activer votre session VNC. En effet, cette commande garantit une gestion fiable des licences et empêche les blocages.

Vous pouvez lister les sessions ouvertes de deux façons :

  • par utilisateur : vnc.sh -l

  • par n° de session : vnc.sh -ls
Dans quel cas relancer sa session VNC ?
  • en cas de d’arrêt de maintenance ou de panne du serveur, les sessions VNC sont toutes coupées

  • en cas de problème sur la session : je n’arrive plus à connecter le client vnc ou la session ne répond plus

  • pour changer de bureau : passer de Gnome à KDE ou vice-versa

  • pour activer des modifications de mon .bash_profile : déclaration d’alias, modification du prompt…

 
 

ATTENTION :

Lors de la première utilisation de VNC, il se peut que vous ayez le message d'erreur suivant :

"Pas de no attribué à votre user: veuillez ouvrir un ticket dans la rubrique 'Applications scientifiques' pour demander un no de session VNC"

 

 
 

2.  En ligne de commande avec redirection graphique depuis Linux

 1
  • Ouvrez un terminal

  

 2

  • Utiliser la commande ssh avec l'option "-Y" qui permet de rediriger l'affichage graphique :
    ssh -Y pyrene.univ-pau.fr

  • Si le système réclame un identifiant/mot de passe, utilisez votre identifiant UPPA.

 

 

3. En ligne de commande avec redirection graphique depuis Windows

Vous devez préalablement télécharger et installer les logiciels suivants :

Nom du logiciel
Caractéristiques Documentation
putty  Ce logiciel émule un terminal à partir duquel vous pouvez vous connecter en 'ssh' sur le serveur frontal pyrene.univ-pau.fr.
xming Ce logiciel permet d'ouvrir des fenêtres graphiques à partir du terminal Linux généré par putty.
 
 Remarque:
 Dans putty, il faut cocher dans "SSH -> X11 -> Enable X11 forwarding" pour que les fenêtres graphiques puissent s'ouvrir avec xming.
 
 

4. En ligne de commande avec redirection graphique depuis un Mac

  • Ouvrez un terminal

  • Utiliser la commande ssh avec l'option "-Y" qui permet de rediriger l'affichage graphique :  
    ssh -Y pyrene.univ-pau.fr

  • Si le système réclame un identifiant/mot de passe, utilisez votre identifiant UPPA.

Redirection graphique  : sur un système récent (MacOS > 10.8), lorsqu'on invoque une commande graphique dans Terminal, le système lance automatique X11 en fond pour que ça marche.

Si l'affichage graphique ne fonctionne pas depuis l'application Terminal, il faut passer par l'application X11. L'application X11 s'appelle XQuartz et peut être téléchargée si jamais elle n'est pas installée sur le Mac :
https://xquartz.macosforge.org

 

Règles d'accès au cluster de calcul 

 

Il y a 2 catégories d'utilisateurs U :

  •  Chercheur UPPA financé par le pôle AS (tout le monde) = U1

  •  Chercheur membre d'un laboratoire, d'une équipe ou d'un projet contributeur au financement des moyens de calcul = U2

Tout utilisateur U appartient à U1 et  peut appartenir aussi à U2.

Il existe deux niveaux de priorité :

Priorité(U1) < Priorité(U2)

qui se recoupent en partie :

Max(Priorité(U1)) > Min(Priorité(U2))

 

Évolution du sytème de gestion des travaux :

  • utilisation du fair share

  • soumission par groupe d'appartenance

  • utilisation du back-filling

  • [activation de la préemption]

 

 Heures de calcul disponibles :

  •  H_dispo_total = 2.000.000 heures/an (consommation UPPA 2013)

  •  H_dispo_total partagé entres les groupes Ui en fonction de leur contribution :

  •  H_dispo(Ui) = pourcentage_contrib(Ui) * H_dispo_total

  •  le groupe Ui accède aux heures H_dispo(Ui) selon la priorité P(Ui)

 

 Heures de calcul de priorité U2 par account :

  • ipra : 169.000 heures/an
  • iprem : 1.100.000 heures/an


 Cas particulier du groupe U1 (UPPA) : 

  •  pas de limite d’heures disponibles

  •  heures accessibles à tous selon la priorité P(U1)

 

Pour plus de détails sur le calcul des priorités.