Direction du numérique (DN)


Cluster UPPA

Le cluster Pyrene est un matériel de recherche destiné à l'activité de calcul scientifique au sein de l'UPPA.

Il permet aux laboratoires de l'établissement de mener des projets de recherche dans différents domaines.

Dans les rubriques qui suivent, il est expliqué comment accéder à ce cluster et comment l'utiliser.

Vous y trouverez également les outils numériques mis à votre disposition.

Le cluster de calcul de l'UPPA est composé des éléments suivants:

 

Serveur frontal pyrene.univ-pau.fr

C'est le serveur sur lequel les chercheurs peuvent se connecter : il est le point d'entrée du cluster.

  • Machine virtuelle de 6 coeurs et 32 Go de RAM
  • Fonctionne avec la distribution Scientific Linux 6 (64 bits)
  • Les espaces de stockages communs et des équipes sont hébergés sur une baie de stockage spécialisée de la DN
  • Une sauvegarde des données est assurée par la DN.
  • L'archivage est à la charge des laboratoires (équipements spécifiques ou stations de travail)

 

Serveur pour la gestion des travaux

Ce serveur héberge le gestionnaire de travaux Slurm

  • Il reçoit les demandes de travaux à répartir sur les nœuds disponibles
  • Personne ne se connecte sur ce serveur

 

Caractéristiques des nœuds de calcul

La répartition des noeuds est effectuée sous forme de partitions :

  •  compute : cette partition regroupe les noeuds 2014. Il s'agit des nœuds les plus performants du cluster. Ils sont interconnectés avec un réseau à faible latence technologie Infiniband (INTEL® TRUE SCALE FABRIC EDGE
    SWITCH 12200BS23MM
    )

    Ils sont à utiliser pour le calcul parallèle au delà de 12 cœurs.
nœuds de calcul
nombre CPUtype CPUmémoire RAM (Go)Accès
dnas-node51
à
dnas-node74
2*10 cœurs

Intel® Xeon® E5-2650Lv2
architecture Ivy Bridge EN 64 bits

32UPPA
  • interac: cette partition s'appuie sur un nœud de 2010. Elle est destinée à trois types de traitements :
    • les logiciels interactifs
    • les logiciels graphiques
    • les tests courts (<1h)
nœuds de calcul
nombre CPUtype CPUmémoire RAM (Go)Accès
dnas-node312*12 cœurs

AMD Opteron(tm)
Processor 6174

64UPPA
 
  • procs12: cette partition regroupe les nœuds 2010. Elle est destinée à deux types de traitements :
    • les jobs séquentiels
    • les jobs parallèles jusqu'à 12 cœurs
nœuds de calcul
nombre CPUtype CPUmémoire RAM (Go)Accès
dnas-node11
à
dnas-node25
2*6 cœurs

Intel® Xeon® L5640
architecture Nehalem 64 bits

24UPPA
dnas-node32
à
dnas-node39
(sauf dnas-node34)
2*6 cœurs

Intel® Xeon® L5640
architecture Nehalem 64 bits

 
48

 

  • lfcr : noeuds 2010 du LFC-R.
nœuds de calcul
nombre CPUtype CPUmémoire RAM (Go)Accès
dnas-node26
dnas-node27
dnas-node28
2*12 cœursAMD Opteron(tm)
Processor 6174
 64LFC-R
dnas-node29
2*12 cœursAMD Opteron(tm)
Processor 6174
128
dnas-node30
2*6 cœurs

Intel® Xeon® L5640
architecture Nehalem 64 bits

24
dnas-node34
2*6 cœurs

Intel® Xeon® L5640
architecture Nehalem 64 bits

96

 

Système de stockage

Il s'agit d'une baie de stockage DELL EqualLogic PS6110E NearLine SAS d'une capacité de 30 To utiles.
Cet espace est réparti entre les utilisateurs du cluster au travers de leurs répertoires d'accueil (home directory) :

chaque utilisateur dispose d'un espace de 200 Go limité par quota.

Cet espace peut être étendu sur demande : cela donnera lieu à un arbitrage de la Commission Thématique Applications Scientifiques.

L'espace de stockage dédié au cluster de l'UPPA est commun aussi est-il nécessaire de respecter quelques règles de cohabitation entre utilisateurs pour ne pas saturer l'espace disponible :

  • pensez à supprimer ces données lorsqu'elles ne vous sont plus nécessaires : l'espace de stockage du cluster n'a pas vocation à faire de l'archivage
  • seules les données relatives au calcul scientifiques ont vocation à être hébergées sur le cluster

 

Système de sauvegarde

Les données stockées localement sur pyrene.univ-pau.fr sont sauvegardées journalièrement. Un programme tourne toutes les nuits pour dupliquer les données. Elles restent accessibles 2 semaines en cas de perte.

Il est important de faire des copies de sauvegardes régulièrement sur son poste en transferant les données depuis le cluster.

  • Données non sensibles : éviter la sauvegarde !

Certaines données n'ont pas besoin d'être sauvegardées : il est alors demandé de suffixer le (ou les) répertoire qui les contiennent avec  "-nosave". De cette façon les répertoires concernés seront automatiquement exclus de la sauvegarde quotidienne. (exemple : mydata/ => mydata-nosave/). Cela réduira le temps de sauvegarde et contribuera à un meilleur fonctionnement du système.

  • Données perdues

Pour retrouver des données perdues, il suffit d'ouvrir un ticket dans la partie assistance du portail en précisant :
- le chemin d'accès aux données ;
- le chemin de récupération si vous voulez les récupérer dans un répertoire différent du répertoire d'origine ;
- la date car nous disposons d'une version par jour sur 15 jours.