Direction du numérique (DN)


MCIA

Le Mésocentre de Calcul Intensif Aquitain(MCIA) est un centre de ressources commun au Pôle de Recherche et d’Enseignement Supérieur (PRES) Université de Bordeaux et à l’Université de Pau et des Pays de l’Adour (UPPA).

 

Comment avoir un compte sur le cluster Avakas du MCIA?

 

  • Vous pouvez ouvrir un compte après inscription auprès du MCIA.

 

Comment se connecter au cluster Avakas?

 

  • Depuis un terminal linux ou Mac, vous pouvez vous connecter en ssh: ssh -Y dupont@avakas.mcia.univ-bordeaux.fr
  • Depuis un poste windows ou pour plus d'informations, cliquez ICI.

 

 

Comment calculer sur Avakas?

 

Avakas est équipé d'un système de modules d'environnement (http://modules.sourceforge.net/) qui permet de gérer la liste et la version des logiciels et librairies accessibles depuis la session utilisateur.

Par défaut, les modules installés sur votre compte (et donc utilisables) sont gcc (compilateur séquentiel) et torque (pour la soumission de jobs en batch). D'autres modules sont à votre disposition. Si vous souhaitez utiliser d'autres modules, il faut d'abord les charger avant de pouvoir les utiliser. De même, si vous souhaitez vous débarasser de certains modules, il suffit de les décharger.

Voici quelques commandes utiles:

  • voir les modules installés sur son compte (ie accessibles depuis son compte): module list
  • voir les modules disponibles sur le cluster Avakas (non accessibles sauf si on les a chargé): module avail

  • charger les modules qui nous intéresse pour la session en cours (il ne sera plus disponible lors des prochaines connexions): module load nom_module

  • ajouter les modules à son environnement de travail (à chaque connexion, les modules choisis seront disponibles) : module initadd nom_module

  • décharger un module qui ne nous intéresse plus : module unload nom_module

 

Utilisation d'Avakas en interactif:

  • réserver un noeud de calcul (pendant une durée d'une heure) : qsub -I
  • charger le ou les modules qui vous intéressent. Vous disposez de 60minutes.

 

 

1. Compilation sur Avakas

 

Attention : les compilateurs GCC et INTEL utilisent le même wrapper pour le parallèle (MPI), il faut donc avoir un seul des deux openmpi/intel ou openmpi/gcc de chargé.

compilateur gcc

En Séquentiel:

  • charger les modules gcc et openmpi : module load gcc/4.4.6

  • commande de compilation en sequentiel: gfortran

 

En parallèle avec openMPI:

  • charger les modules gcc et openmpi :

    • module load gcc/4.4.6

    • module load openmpi/gcc/64/stable-1.4.2

  • commande de compilation en MPI : mpif90

 

compilateur Intel

En séquentiel:

  • charger les modules intel et intel compiler :

    • module load intel

    • module load intel/compiler

  • commande de compilation en sequentiel : ifort

 

En parallèle avec intel-mpi:

  • charger les modules intel et intel-mpi :

    • module load intel

    • module load intel/compiler

    • module load intel-mpi

  •  commande de compilation en MPI : mpif90

     

 

2. Soumission de jobs en batch sur Avakas

 

En séquentiel avec gcc
En parallèle avec gcc et openMPI
En parallèle avec intel et intel-mpi

 

Vous trouverez plus d'informations ICI.

 

 

Assistance MCIA

 

Le MCIA dispose d'un système de tickets pour venir en aide aux utilisateurs.